彼らの祖先は日本人の主体となっているいわゆる和人と同じように縄文人の一部を形成し、おおまかには続縄文文化、擦文時代を経てアイヌ文化の形成に至ったことが明らかになっている。しかし、その詳細な過程、縄文人集団から和人集団とアイヌ集団への分化過程については不明な点が多く、かろうじて各地の地名に残るアイヌ語の痕跡、文化（イタコなど）、言語の遺産（マタギ言葉、東北方言にアイヌ語由来の言葉が多い）などから、祖先または文化の母胎となった集団が東北地方にも住んでいた可能性が高いことが推定されている。特に擦文文化消滅後、文献に近世アイヌと確実に同定できる集団が出現するまでの経過は、考古学的遺物、文献記録ともに乏しい。
近年の遺伝学的研究では日本人（本州、北海道アイヌ、沖縄県の3地域を比較）の遺伝子はほぼ同じで、北アジアを起源に持つことが明らかにされ、従来定説化されてきた縄文人（アイヌ含）を南方系・弥生人を北方系とする埴原和郎の「二重構造説」は否定されている。つまり北アジアのバイカル湖周辺を起源に持つ集団が複数回にわたって渡来することによる遺伝的な多重構造が存在すると考えられている。
江戸時代には松前藩がおもにアイヌの人々と交易を行っていた。当時、アイヌは和人のことを「シサム」「シャモ」と呼称していた。シサムは隣人という意味のアイヌ語で、シャモはその変化形の蔑称または「和人」のアイヌ読みともいわれる。
和人との混血
明治以降は和人との通婚も増え、アイヌの血を100%引いているわけではない人物も増えている。和人との通婚が増えている理由として、西浦宏巳が1980年代前半に二風谷のアイヌの青年に行った聞き取り調査では、和人によるアイヌ差別があまりにも激しいため、和人と結婚することによって子孫の「アイヌの血を薄め」ようと考えるアイヌが非常に多いことが指摘されている。
しかしながらアイヌと和人の両方の血を引く人々の中にも、著名なエカシ（長老）の一人である浦川治造のように、アイヌ文化の保存と発展に尽力する者は少なくない。また、浦河町のエカシである細川一人は、和人の両親から生まれた人物であるが、幼少時に父親と死別し、その後14歳の時に母親がアイヌ族の男性と再婚したためにアイヌ文化を身につけたという珍しい存在である。
『ウィキペディア（Wikipedia）』引用
アイヌと日本人との遺伝子はほぼ一緒だそうです。
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